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1633年に創建された、函館最古の曹洞宗寺院です。もとは松前法源寺の末寺として亀田村（現在の万代町）に建てられ、幾度かの移転や火災を経て、1879年に現在の地へ移りました。

高龍寺の象徴ともいえる総ケヤキ造りの山門は、1911年に建立されました。名工たちによる精巧な彫刻が施されており、明治後期を代表する木造建築として高く評価されています。

また、函館戦争の際には榎本軍の傷兵たちの病舎として使用されましたが、官軍兵士の乱入によって十数名が命を落とすという悲劇がありました。本堂右手には、その出来事を今に伝える「傷心惨目の碑」が建立されています。

法堂、山門、鐘楼堂をはじめ境内の多くの建造物は国の登録有形文化財に指定されています。さらに、蠣崎波響の最高傑作とされる「釈迦涅槃図」を所蔵することでも知られています。函館の歴史と文化を今に伝える高龍寺は、建築美と歴史の両方に触れられる貴重な歴史スポットです。